Az időtúllépések és a tervtől való eltérések, például a pluszköltségek okozzák a legtöbb gondot az európai uniós források felhasználásánál. Ezt is megállapította az Állami Számvevőszék a hazai monitoring- és ellenőrző rendszerekről készült jelentésében. Az ellenőrzést még 2006-ban végezték.
Hogy a vizsgált rendszerek a jövőben hatékonyabban működjenek, az ÁSZ javaslat nyomán több intézkedést is végrehajtott a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség. A számvevőszék szakemberei azt szorgalmazták, hogy a 2007-2013-as időszakra dolgozzák ki a felkészülési feladatok ütemtervét, erősítsék meg a szakmai monitoring és informatikai rendszereket, és alakítsanak ki a nagyprojektek kockázatait figyelembe vevő ellenőrzési eljárásokat. Azt is javasolták, hogy az intézményi működési költségeket elkülönítve és megfelelő részletezve tartsák nyilván. A jelentés legfőbb megállapítása az, hogy a vizsgált hazai rendszerek kialakítása és működtetése 2006-ban teljesítette az uniós források lehívásának és felhasználásának e rendszerekhez kapcsolódó feltételeit, működésük azonban támogatásonként eltérő mértékben volt eredményes és hatékony. Így előfordult, hogy az érintetteknek a jogszabályban meghatározottnál hosszabb időre volt szükségük a projektekhez.
Ráadásul a költségtúllépések miatt így csökkenhetett néhány programban az uniós támogatás aránya, ami költségvetési és önkormányzati többletráfordítással jár. Hiányosnak találták a programszintű értékelést is. Bár Magyarország eddig nem veszített EU-forrást a Nemzeti Fejlesztési Tervvel vagy a kohéziós alappal kapcsolatban, a közlekedési nagyprojektek és a humánerőforrás-fejlesztési operatív program néhány részét gyorsítani kellene.
Hogy a vizsgált rendszerek a jövőben hatékonyabban működjenek, az ÁSZ javaslat nyomán több intézkedést is végrehajtott a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség. A számvevőszék szakemberei azt szorgalmazták, hogy a 2007-2013-as időszakra dolgozzák ki a felkészülési feladatok ütemtervét, erősítsék meg a szakmai monitoring és informatikai rendszereket, és alakítsanak ki a nagyprojektek kockázatait figyelembe vevő ellenőrzési eljárásokat. Azt is javasolták, hogy az intézményi működési költségeket elkülönítve és megfelelő részletezve tartsák nyilván. A jelentés legfőbb megállapítása az, hogy a vizsgált hazai rendszerek kialakítása és működtetése 2006-ban teljesítette az uniós források lehívásának és felhasználásának e rendszerekhez kapcsolódó feltételeit, működésük azonban támogatásonként eltérő mértékben volt eredményes és hatékony. Így előfordult, hogy az érintetteknek a jogszabályban meghatározottnál hosszabb időre volt szükségük a projektekhez.
Ráadásul a költségtúllépések miatt így csökkenhetett néhány programban az uniós támogatás aránya, ami költségvetési és önkormányzati többletráfordítással jár. Hiányosnak találták a programszintű értékelést is. Bár Magyarország eddig nem veszített EU-forrást a Nemzeti Fejlesztési Tervvel vagy a kohéziós alappal kapcsolatban, a közlekedési nagyprojektek és a humánerőforrás-fejlesztési operatív program néhány részét gyorsítani kellene.