A területen már a 15. században állt Szűz Mária tiszteletének szentelt gótikus templom, ami a török hódoltság idején pusztult el. Az új templom és rendház alapítója Kelemen Didák (1683–1744) minorita tartományfőnök volt, aki sikerrel kért templomépítési engedélyt III. Károlytól, és meg tudta nyerni Károlyi Sándor grófot és Erdődy Gábor Antal egri érseket az építkezés támogatójának. A munkálatok 1729-ben, ünnepélyes alapkőletétellel kezdődtek. A tervező és építő Giovanni Baptista Carlone egri építész volt. 1735-re elkészült a szentély és az alatta lévő kripta, 1736-ban Erdődy Gábor – ideiglenesen – felszentelte a főoltárt. A templomépület, a két torony egy részének és a kápolna építésével 1743-ra készültek el. Ugyanebben az évben kezdték el a kolostor északi szárnyának az építését, amit rövidesen a déli szárnyban lévő iskola és az összekötő egység követett. A kereszteket 1751-ben helyezték el a torony tetején, a teljes készültséget 1760 körül érték el. Páter Kelemen Didák ezt már nem érte meg, 1744. április 28-án elhunyt, és az általa megálmodott templom kriptájában temették el.
Az 1843. évi nagy miskolci tűzvész során súlyos károkat szenvedett a templom, leégett a tető, beszakadt a boltozat, még a harangok is megolvadtak, viszont a berendezés nagy része megmenekült a tűztől. Elsőnek a rendházat, majd a tornyokat állították helyre, és 1845-re készültek el a helyreállítási munkálatokkal – az eredeti Carlone-féle tervek szerint. 1867-ben lett kész a főoltár, 1880-ban pedig négy oltárt állítottak fel. 1950. június 17. éjszakáján a rendházból elhurcolták az ott lakó atyákat, novíciusokat és diákokat, összesen tíz embert (erről 1999-ben elhelyezett emléktábla emlékezik meg).
Külsejét tekintve a templom kéttornyos, homlokzatát dór, ión oszlopok és lizénák osztják három függőleges szakaszra, vízszintes párkányai pedig két szintre és oromzatra. A szimbolikus domborművekkel díszített, timpanonos főbejáratának 2001-ben készült bronzkapujához háromkaréjos, hajlított korlátú előlépcsőzet vezet. Ennek két oldalán, szoborfülkékben állnak balról Assisi Szent Klára, jobbról pedig Szent Erzsébet erőteljes és mozgalmas barokk szobrai. Az emeleti ablak két oldalán, hasonló módon két szent szobrát helyezték el: Assisi Szent Ferenc és Páduai Szent Antal alakját. Valamennyi 1779-ben került a helyére. A templomépület 60 méter hosszú, a főhajó szélessége 12 méter, a két torony magassága 56 méter. Toronyórái 1995-ben készültek, de már korábban is volt óra a templomon. A főhajó boltívének magassága 16 méter, amelynek két oldalán három-három, 6×6 méteres kápolna helyezkedik el.