A búcsúztatáson, amelyet az elhunyt kérésére "az egyszerűség jegyében" tartottak, Ferenc pápa mondott gyászmisét, az oltár előtti teendőket azonban Giovanni Battista Re bíboros, a Bíborosi Kollégiumot vezető dékán végezte a 86 éves katolikus egyházfő térdfájdalmai miatt. Prédikációjában Ferenc pápa elsősorban az Istenbe vetett bizalomról és az Isten iránti odaadásról beszélt, csak beszédének végén említette közvetlenül az elhunyt volt egyházfőt, mint "a Vőlegény (Jézus) hű barátját". A gyászmisét 130 bíboros, 400 püspök és 3700 pap mutatta be.
A mise végének közeledtével Ferenc szentelt vizet hintett a koporsóra és körbetömjénezte azt, miközben latinul a következőket mondta: "Irgalmas Atyánk, kegyelmedbe ajánljuk Benedek emeritus pápát, akit Péter utódjává és az egyház pásztorává tettél, és aki igéd félelmet nem ismerő hirdetője, illetve az isteni misztériumok hű szolgálója volt."
A nyilvános gyászszertartás után a 12 fehérkesztyűs koporsóvivő visszavitte XVI. Benedeket a Szent Péter-székesegyházba, hogy ott a nyilvánosság előtt elzárt ceremónián helyezzék végső nyugalomra a néhai egyházfőt. Mielőtt a koporsó eltűnt a bazilika kapui mögött, Ferenc pápa megáldotta, kezével megérintette és meghajolt előtte. Csókkal illette a koporsót Georg Gänswein érsek, aki évtizedek óta volt a pápa személyi titkára, legfőbb bizalmasa.
A templomban a ciprusfa koporsót egy tartósító hatású cinkkoporsóba, azt pedig egy újabb fakoporsóba tették, majd a bazilika kriptájának azon szerény sírhelyén helyezték el, ahol elődei közül a később szentté avatott XXIII. János és II. János Pál pápa is nyugodott átmenetileg. A még a gyászszertartás előtt a koporsóba zárt tekercs, az elhunyt műveinek összefoglalását tartalmazó rogitum "elismert teológusként" méltatja a néhai egyházfőt. A dokumentum kiemeli, hogy XVI. Benedek pápaként, nagy tekintélyű teológusként a hit alapigazságainak terén végzett tanulmányaival gazdag örökséget hagyott maga után.
A temetés kihívás elé állította a vatikáni hatóságokat, mert a katolikus egyház kétezer éves történetében még nem volt példa arra, hogy egy elhunyt pápát a hivatalban lévő pápa búcsúztasson. Utoljára 2005-ben temettek pápát a Vatikánban, II. János Pált, őt a most elhunyt pápa búcsúztatta akkor még bíborosként.
A vatikáni csendőrség 50 ezerre becsülte a temetésre összegyűltek számát. A gyászolók közül sokan érkeztek Németországból, főleg a néhai pápa szűkebb hazájából, Bajorországból. A gyászmisén részt vett Novák Katalin köztársasági elnök és férje, Veres István, valamint Semjén Zsolt miniszterelnök-helyettes.
A néhai nyugalmazott pápa, aki 2005 és 2013 között volt a római katolikus egyház feje, 95 éves korában, december 31-én 9 óra 34 perckor hunyt el. XVI. Benedek hat évszázada az első olyan pápa volt, aki lemondott tisztségéről.
A szertartást a közmédia Duna csatornája élőben közvetítette.
