A budapesti és a regionális elővárosi forgalomban is biztosítja a vasúttársaság az eljutást: két, három óránként indulnak vonatok. A nappali műszakban nem vették fel a munkát Salgótarján, Somoskőújfalu, Miskolc, Eger, illetve Debrecen, Nyíregyháza térségében. Innen távolsági vonatok - főként Budapest felé - nem mennek, a vonal belső forgalmát Bz-motorszerelvények biztosítják. Szeged, Pécs és Szombathely térségében közlekednek a járatok. A Kaposvár-Fonyódi vonalon a vonatok Kaposfüredig, illetve onnantól, a Dombóvár-Gyékényes vonalon pedig Dombóvár-Taszár, illetve Kaposmérő-Gyékényes között közlekednek. Pécs-Barcs között közlekedett a Pécs-Szombathely közötti vonat, most azonban bizonytalan ideig áll, a sztrájk miatt. A Pécs térségében a többi vonalon közlekednek a vonatjáratok, így a balatoniakon is.