A ’80-as éveket visszafogott fejlesztések és konszolidált működés jellemezte. A röntgendiagnosztika területén elért fejlesztéseknek köszönhetően a Gyermekegészségügyi Központ egy részét a Hajnal Imre Egészségtudományi Egyetem II. számú Gyermekgyógyászati Tanszékké minősítette. A kórházi dolgozók szakmai felkészültségét jól mutatta, hogy a szakdolgozók 94 százaléka szakképesítéssel rendelkezett, emellett két egyetemi tanár, hat egyetemi docens, tizennyolc kandidátus dolgozott 1991-ben az intézményben. Ekkor alakult meg az angiológiai, majd érsebészeti osztály is.
Felismerve a stroke jelentőségét – és kiképezve az annak kezelésére alkalmas személyzetet – 1992-ben Stroke Ellátási Központtá vált a II. ideg-toxikológiai osztály. Az 1995-ös év újabb technikai ugrást jelentett a radiológiai diagnosztikában. Üzembe helyezték az MRI készüléket, emellett csontvelő-transzplantációs részleget indítottak a GYEK-ben.
Közben a pénzügyi korlátok ellenére előbb a sebészeti, majd a belgyógyászati épület teljes rekonstrukcióját elvégezték. A 2000-es években a kórház fejlődése új impulzusokat kapott, például gyermeksürgősségi osztály létesült. 2001-ben a Debreceni Orvostudományi Egyetem oktatókórházává vált az intézmény, és szerződést kötött a Miskolci Egyetemmel.
Onkológiai vonatkozásban pozitív fejleményként létrejött a Központi Szűrőcentrum. A GYEK-ben a napi betegellátási igény mellett ekkor már elvégezték a századik csontvelő-transzplantációt. A 2004-es év utolsó napjaiban az I. belgyógyászati-kardiológiai osztály elvégezte az első haemodinamikai beavatkozást az újonnan átadott Haemodinamikai Központban.
A 2000-es évek hozták el az újabb strukturális változásokat. 2008-ban a Vasgyári Kórház traumatológiai osztálya az intézményhez került, ahogy a rá következő években is folytatódott az integráció. 2013-ban megkezdődött a „Csillagpont Kórház” birtokba vétele, a Járó- és Fekvőbeteg Ellátó Központ épületének felújítása, 64 szeletes CT készülék, korszerű DSA és egy MRI készülék telepítése. A sürgősségi betegellátó osztály 2014-ben a Miskolci Semmelweis Ignác Egészségügyi Központból, más néven a MISEK-ből a megyei kórházba került át, majd ezt követte a sebészet, mellkassebészet, urológia, szemészet is, amely előszele volt már a teljes integrációnak.
2017. április 1-jén Miskolc valamennyi kórháza mellett a szikszói és a mezőkövesdi kórházat is összevonták, így jelenleg hat tagkórházból (a Szentpéteri kapui központon túl a Szikszói, a Mezőkövesdi, a Diósgyőri, a Szent Ferenc és a Semmelweis Tagkórház) áll az intézmény. Az összevonás mértékét jelzik a számok: amíg 2016-ban 1542 ágyszámmal 68869 fekvőbeteget, valamint több mint egymillió járóbeteget látott el a „megyei kórház”, addig az integrációt követően az ágyszám csaknem megduplázódott, 3501 ágy lett az intézmény teljes kapacitása.
Az épületeken túl mindenképpen említést érdemel a kórház közvetlen környezete is; az épületeket övező parkot jeles szobrászművészek (a teljesség igénye nélkül: Illés Ferenc, a kétszeres Munkácsy-díjas Kiss Kovács Gyula, a Magyar Corvin-lánccal és a Nemzet Művésze címmel kitüntetett, Kossuth-díjas szobrászművész Melocco Miklós vagy a szintén Munkácsy-díjas Laborcz Ferenc) alkotásai díszítik.
