A megyei és fővárosi védelmi bizottságokat a kihirdetett veszélyhelyzetben azért hívták össze, hogy az Operatív Törzs által megszabott területi feladatok ellátását támogassák, az emberek életének és egészségének megvédésében részt vevő szervezetek – ezen belül különösen a kormányhivatalok népegészségügyi szervei, a rendőrség, a honvédség, az önkormányzatok, a mentőszolgálat – működését koordinálják, a szervezetek közötti információáramlást segítsék. A védelmi bizottságok elnökei a kormánymegbízottak, tagjai többek között a katasztrófavédelem, a rendőrség, a honvédség megyei vezetői, a megyei és fővárosi tisztifőorvosok, a megyei jogú városok polgármesterei és a megyei közgyűlési elnökök, Budapesten a főpolgármester. Az üléseken részt vesznek a járási hivatalok vezetői is, mint a helyi védelmi bizottságok elnökei, továbbá állandó meghívottak a mentőszolgálat megyei képviselői is.
Az üléseken áttekintik a védekezésben részt vevő állami szervezetek működését. A védelmi bizottságok emellett többek között ellenőrzik a településeken házi karanténba helyezett személyek ellátását, feltérképezik a magukat önállóan ellátni nem képes személyeket, az egyedül élőket, hajléktalanokat. Ellenőrzik, hogy a polgármesterek a településeken ellátási kötelezettségüknek eleget tesznek-e. Felmérik a rendszeres, kúraszerű kezelésre szorulókat, és támogatásukat szükség szerint megszervezik.
Ellenőrzik továbbá, hogy a megye, illetve a főváros minden nevelési és közoktatási intézményében megoldották-e a közétkeztetést, valamint a gyermekfelügyeletet, melyek kötelező önkormányzati feladatok. A védelmi bizottságok emellett számba veszik az illetékességi területükön működő karitatív szervezeteket, az önkéntes szervezetek képességeit. A feladatok végrehajtásába bevonják a helyi polgárőrséget, a falugondnoki hálózatot és a járási ügysegédeket is.
Szükség esetén a fertőzésgyanús betegek mintavételezésével kapcsolatos szállítási feladatokban is segítséget nyújtanak az Országos Mentőszolgálatnak a védelmi bizottságok.
